Motore CP3 a 4 tempi, 3 cilindri, raffreddato a liquido da 890 cc
L'R9 è alimentata dall' iconico motore CP3 da 890 cc raffreddato a liquido, a tre cilindri, DOHC, 4 valvole per cilindro con iniezione carburante. Alesaggio e corsa di 78 mm x 62 mm e 11,5: Il rapporto di compressione offre un'eccellente coppia e un'ampia potenza, che, in combinazione con il controllo raffinato offerto da Yamaha Chip Controlled Throttle (YCCT), offre prestazioni ottimali sia in pista che su strada. Il rapporto finale, la fasatura dell'accensione e la mappatura del carburante sono tutti ottimizzati per le prestazioni Supersport.